学校档案馆成立于2000年7月，起始于1958年成立的原西北农学院档案室。档案馆下设办公室（数字档案室）、业务指导室、保管利用室及学生档案室。现有工作人员13名，兼职档案人员105名。档案馆建筑面积3436平方米，库房分南楼、北楼两部分。

学校馆藏资源丰厚、档案门类齐全。现馆藏档案16.6353万卷6.4549万件、资料1.2623万卷（件），照片档案2.038万张，实物档案2788卷（件），人物档案3725卷（件），学生档案4.1349万卷。电子档案存量2.8T。电子档案目录案卷级14.66万条，文件级83.82万条。学校采用“南大之星”档案管理系统、毕业生档案转递信息查询系统。馆藏档案数字化已纳入学校智慧校园建设规划中。

档案馆秉承“为党管档、为校守史、服务师生”的宗旨，倡导“资源、治理、利用、安全”四位一体协调发展的建设思路，坚持“服务至上”工作理念，充分发挥档案“存凭、留史、资政、育人”的作用。   

档案馆先后获省、厅（局）级以上荣誉30余次。曾荣获国家档案局、中央档案馆、水利部授予“全国档案工作先进单位”“全国水利系统档案工作先进集体”，陕西省档案局、陕西省人事厅授予“全省档案工作先进集体”等荣誉称号。  ( 2021年8月)